民國63年捐血運動協會成立，澎湖縣屬於台北捐血中心的業務範圍，民國70年7月，規劃入高雄捐血中心業務範圍內。後為配合行政院衛生署全國醫療網計劃，並加強澎湖地區捐、供血業務與血液品質之提升，於民國81年7月1日於馬公市中山路六十二號成立馬公捐血站，希望能充分滿足澎湖地區的醫療用血。除了提供捐血服務外還包含有血品製備與24小時供血服務，讓澎湖地區醫療院所可以就近至馬公捐血站領血。歷經寒、暑15年，為提供澎湖民眾更舒適的捐血環境及符合捐血作業品質的場所，於95年6月進行內部大整修，加大採血空間，並將澎湖濃濃海洋風納入設計概念中，於95年8月1日從新啟用，服務更多澎湖民眾。
