民國63年至民國65年間，中華民國捐血運動協會（中華捐血運動協會）次第在台北、台中、高雄相繼成立捐血中心。

台南捐血中心的前身是台南捐血站，隸屬於高雄捐血中心。

後因台南地區捐供血業務急遽拓展，且在地方人士及醫療院所要求下，由台南市捐血(人)協會及紅十字會台南市支會熱心推動，成立台南捐血中心籌備會，並積極展開成立中心的籌備工作。

肇始於民國59年的台南市捐血（人）協會，十分熱衷於推展捐血活動，遂於民國69年12月24日及26日，分別取得高雄捐血中心王副主任鏡山及中華民國捐血運動協會蔡理事長培火首肯，協助輔導嘉南地區成立捐血中心，惟開辦龐大經費得由地方自籌。

台南市捐血(人)協會及紅十字會台南市支會隨即成立台南捐血中心籌備會積極展開經費的募捐工作，旋於民國70年4月籌足新台幣四百三十餘萬元及其它相關必要的設備。其間獲得地方人士大力支持，出錢出力，終於民國70年7月1日正式將台南捐血站升格為台南捐血中心。

在眾多善心人士、社團熱心協助之下，台南捐血中心業務拓展甚速，原先位於府前路紅十字支會一隅之作業場所，已不敷使用。

隨后陸續遷移成功路、中山路，但至此作業場所均寄人籬下，幾度搬遷，深以為苦。民國79年幸賴前主任劉尚修先生在多方奔走，極力爭取下，終於購得台南市政府、市議會同意以特惠低價讓售現址市有非公用地予我中心，隨即籌款興建全新作業大樓，並於民國84年9月完工啟用。